Nacho comenzó su carrera en el club Argentinos Juniors de Paraná y luego se unió a las inferiores de Unión de Santa Fe. Tras su participación en selecciones juveniles en 2009, fue ascendido al plantel profesional como cuarto arquero por el técnico Fernando Alí, detrás de Luis Ojeda, Nicolás Caprio y Joaquín Luján.
A pesar de formar parte del plantel que logró el ascenso a la Primera División en 2011, Arce no tuvo muchas oportunidades de jugar en la máxima categoría del fútbol argentino debido a la llegada de Bologna y la continuidad de Limia.
La causa que se le formó fueron por «lesiones leves agravadas por el vínculo y por mediar violencia de género».
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